De eerste kerndoelen dateren van 1993. Het waren er 122. Al twee jaar na de vaststelling van de eerste kerndoelen ontstond er de behoefte ze weer te wijzigen. In 1998 werd de tweede generatie kerndoelen van kracht. Het aantal doelen was teruggebracht tot 103 doelen. De kerndoelen van 1993 gingen vooral over vakgebieden. Die van 1998 gingen over soms wat grotere leergebieden. Bovendien waren er leergebiedoverstijgende kerndoelen toegevoegd. Die laatste doelen gingen vooral over zelfstandigheidontwikkeling, de ontwikkeling van het zelfbeeld van leerlingen, het ontwikkelen van leerstrategieën en het omgaan met ICT. Vooral de leergebiedoverstijgende doelen werden door leraren erg gewaardeerd, omdat ze naar hun oordeel vooral het beeld van basisonderwijs uitstraalden. Veel sterker dan in 1993, kwam er bij de vaststelling van de kerndoelen in 1998 een maatschappelijke discussie op gang over de vraag waarover onderwijs nu precies zou moeten gaan. 

Sinds 2006 is de derde generatie kerndoelen van kracht. Met ingang van schooljaar 2009/2010 dienen de nieuwe kerndoelen volledig te zijn ingevoerd binnen de basisscholen.
Het zijn er nog maar 58. De leergebiedoverstijgende doelen zijn er uit verdwenen. De kerndoelen zijn geformuleerd voor grotere leergebieden, zoals: de talen, rekenen/wiskunde, oriëntatie op jezelf en wereld, kunstzinnige oriëntatie en bewegingsonderwijs. Elk leergebied wordt voorafgegaan door een karakteristiek van dat gebied. In die karakteristiek staat tamelijk uitgebreid beschreven waarop een dergelijk leergebied zich richt. Alle scholen voor primair onderwijs hebben een informatieset ontvangen, bestaande uit een boekje met de kerndoelen, de kerndoelen op losse kaartjes, een poster met de kerndoelen op rij.